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systems biology

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La biologie des systèmes explore comment les composants d'un organisme interagissent pour créer des comportements complexes, passant de l'étude isolée des gènes à une vision globale du vivant. Cette approche multidisciplinaire révèle les réseaux invisibles qui régulent la santé et la maladie, transformant notre compréhension fondamentale de la biologie.

Sur Gist.Science, nous parcourons quotidiennement bioRxiv pour repérer les tout nouveaux prépublications dans ce domaine. Pour chaque article, nous produisons à la fois une explication claire pour le grand public et un résumé technique détaillé, rendant ces recherches de pointe accessibles à tous sans sacrifier la rigueur scientifique.

Vous trouverez ci-dessous les dernières publications sélectionnées, prêtes à être découvertes et comprises.

A Reproducible Dual-Model Constraint-Based Framework for Exploring Hepatic Energy Metabolism Under Stachys affinis-Derived Short-Chain Fatty Acid Scenarios

Cette étude présente un cadre reproductible à double modèle de contraintes qui démontre que la fermentation des stachyoses du topinambour chinois augmente de manière dose-dépendante la production d'ATP hépatique, tout en identifiant et en comblant un écart métabolique spécifique lié au catabolisme du propionate entre les reconstructions Recon3D et Human-GEM.

Nguyen, A. T., Nguyen, B. A.2026-03-30📄 systems biology

A Systems Framework for Quantifying Programmability and Persistence Across Mammalian Cell Types

Cet article propose un cadre systémique intégrant des données sur la durée de vie et la persistance de plus de 50 types cellulaires mammifères pour définir un score de programmabilité et de persistance (PPS) qui guide la sélection cellulaire optimale pour les thérapies régénératives et les applications de biotechnologie.

Chauhan, V., Chen, M., Sridharan, A. T., Pan, L.2026-03-30📄 systems biology

A Cohort-Based Global Sensitivity Benchmark of MRI-Derived Whole-Heart Electromechanical Models in Healthy Hearts

Cette étude établit une référence de sensibilité globale pour des modèles électromécaniques cardiaques à quatre cavités issus d'IRM de cinq sujets sains, démontrant que les paramètres de charge hémodynamique dominent la fonction cardiaque globale indépendamment des variations anatomiques individuelles.

Rahmani, S., Pouliopoulos, J., W. C. Lee, A., Barrows, R. K., Solis-Lemus, J. A., Strocchi, M., Rodero, C., Qayyum, A., Lashkarinia, S., Roney, C., Augustin, C. M., Plank, G., Fatkin, D., Jabbour, A. (…)2026-03-30📄 systems biology

Glycan Reachability Analysis: A Bottleneck-Aware Frameworkfor Inferring Tissue-Specic Glycan Biosynthetic Potential fromTranscriptomics

Cet article présente un cadre d'analyse de la « portée » des glycanes qui, en se basant sur le principe du goulot d'étranglement appliqué aux données de transcriptomique, permet d'inférer avec une précision quantitative la capacité biosynthétique tissulaire des glycanes, surpassant ainsi les approches binaires traditionnelles.

Matsui, Y.2026-03-27📄 systems biology

VIOLIN: A modular framework for scalable reconciliation of heterogeneous interaction graphs

Le papier présente VIOLIN, un cadre de réconciliation modulaire et configurable qui compare systématiquement les interactions moléculaires extraites de la littérature scientifique à des graphes de connaissances structurés pour les classer en corroboration, contradiction, cas signalé ou extension, tout en démontrant sa robustesse et sa précision via des évaluations sur divers modèles de langage et corpus.

Luo, H., Hansen, C. E., Arazkhani, N., Telmer, C. A., Tang, D., Zhou, G., Spirtes, P., Miskov-Zivanov, N.2026-03-25📄 systems biology

The Gibbs free energy landscape based on liver metabolome revealed thermodynamic robustness against fasting and obesity

Cette étude révèle que le foie de souris maintient une robustesse thermodynamique remarquable de son métabolisme glucidique face au jeûne et à l'obésité, en maintenant des profils de variation d'énergie libre de Gibbs stables grâce à des coûts enzymatiques élevés qui permettent une commutation efficace entre la glycolyse et la néoglucogenèse.

Abekawa, T., Ohno, S., Hirayama, A., Soga, T., Kuroda, S.2026-03-25📄 systems biology

NeighborFinder: an R package inferring local microbial network around a species of interest

Le package R NeighborFinder propose une méthode efficace et interprétable pour inférer des réseaux microbiens locaux centrés sur une espèce d'intérêt, offrant une alternative computationnellement optimisée aux approches de réseaux globaux pour les études exploratoires.

Sola, M., Paravel, A., Auger, S., Chatel, J.-M., Plaza Onate, F., Le Chatelier, E., Leclerc, M., Veiga, P., Frioux, C., Mariadassou, M., Berland, M.2026-03-25📄 systems biology

A graph-based learning approach to predict the effects of gene perturbations on molecular phenotypes

Cette étude présente une approche d'apprentissage automatique basée sur des graphes capable de prédire avec précision les effets des perturbations génétiques sur divers phénotypes moléculaires, offrant ainsi une méthode efficace pour prioriser les expériences et réduire les coûts de criblage à grande échelle.

Jin, Y., Sverchkov, Y., Sushkova, A., Ohtake, M., Emfinger, C., Craven, M.2026-03-25📄 systems biology