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Les auteurs ont développé une plateforme de criblage in vitro à haut débit et rentable, basée sur l'omique et utilisant des cellules immunitaires humaines, pour identifier des sénomodulateurs immunitaires et accélérer le passage de la recherche préclinique à des traitements anti-vieillissement personnalisés.
Cette étude démontre que la neureguline-1 régule la taille et la forme des cardiomyocytes via des voies de signalisation PI3K et p38 distinctes, offrant ainsi de nouvelles perspectives pour cibler sélectivement le remodelage cardiaque pathologique.
En intégrant la métabolomique post-mortem et l'apprentissage automatique sur des cas réels suédois, cette étude démontre qu'il est possible de détecter et de sous-classer avec précision les décès liés à la ketoacidose, offrant ainsi un outil robuste pour les enquêtes médico-légales.
Cette étude propose un cadre basé sur les réseaux qui intègre l'analyse de co-expression génique et des mesures de centralité multiples pour prioriser de manière interprétable des gènes candidats impliqués dans les mécanismes moléculaires de la maladie d'Alzheimer.
Ce papier présente GRNFormer, un cadre novateur basé sur les transformateurs graphiques qui surpasse les méthodes existantes pour inférer avec précision et généralisabilité des réseaux de régulation génique à partir de données de transcriptomique, sans nécessiter d'annotations préalables ni d'informations régulatrices antérieures.
Cette étude démontre que l'intégration de données transcriptomiques et protéomiques via des modèles d'apprentissage automatique révèle une coordination nuancée dans le contexte des métastases cancéreuses, où les signaux protéiques concentrés et complémentaires aux signaux transcriptomiques diffus améliorent la prédiction du phénotype.
OrthoGather est une application web locale qui facilite l'analyse comparative des protéomes et l'enrichissement en ontologie des gènes (GO) en exploitant les relations d'orthologie pour déduire des fonctions même chez les espèces peu annotées, tout en générant des résultats prêts à être publiés sans nécessiter de compétences en programmation.
Cette étude du consortium MoTrPAC caractérise les réponses moléculaires sanguines (transcriptomiques, protéomiques et métabolomiques) à l'exercice aigu d'endurance et de résistance chez l'homme, révélant à la fois des mécanismes partagés et des voies spécifiques liées à l'immunité, au métabolisme lipidique et à la réparation tissulaire.
Cette étude présente un modèle de dynamique des systèmes basé sur des équations différentielles ordinaires pour identifier des cibles moléculaires clés permettant de surmonter la résistance intrinsèque aux médicaments dans le cancer de la prostate en optimisant les voies de l'apoptose induite par trois agents pro-apoptotiques distincts.
Cette étude démontre que la force des sites de liaison des promoteurs est le principal déterminant de l'expression génique, surpassant l'abondance et la localisation des facteurs de transcription, tandis que les variations d'affinité sont principalement tamponnées, révélant ainsi des compromis fonctionnels entre ces facteurs trans-régulateurs et les éléments cis-régulateurs.
Cette étude révèle que la sélection thymique des récepteurs des cellules T chez les femmes est biaisée en faveur de la reconnaissance d'auto-antigènes pathogènes, offrant une explication mécanistique à leur plus grande susceptibilité aux maladies auto-immunes.
En analysant un réseau de régulation génique du cancer du sein, cette étude établit que la distance dans l'espace des phases entre les états stationnaires, plutôt que la profondeur du potentiel, détermine la plasticité phénotypique et explique l'hétérogénéité dynamique observée dans les sous-types TNBC et HER2+.
Le papier présente TRACER, une méthode qui améliore la cohérence biologique des profils cellulaires dans la transcriptomique spatiale basée sur l'imagerie en résolvant les profils mixtes et en reconstruisant les cellules partielles grâce à la cohérence génique et à la co-localisation spatiale, sans nécessiter d'annotations externes.
Cette étude du consortium MoTrPAC établit une carte multi-omique des réponses moléculaires aiguës du tissu adipeux sous-cutané abdominal à l'exercice chez des adultes sédentaires, révélant des programmes distincts selon le type d'effort et des mécanismes clés liés à la santé métabolique.
Ce papier présente MAPLE, un cadre utilisant des schémas de validation structurés pour faciliter la collaboration entre les grands modèles de langage et les modélisateurs dans la calibration des modèles de pharmacologie systémique quantitative, en garantissant l'exactitude des données extraites et la traçabilité de leur provenance.
Cette étude présente un réseau d'alignement de sites de liaison aux métaux dérivé de la PDB qui révèle des géométries récurrentes au-delà de la similarité de séquence, éclairant ainsi l'évolution des métalloprotéines et permettant la prédiction systématique d'effets hors cible des médicaments.
Cette étude combine une approche de pharmacologie de réseau et une validation expérimentale pour identifier et confirmer le potentiel de repositionnement des médicaments tauroursodésoxycholate (TUDCA) et arundine dans le traitement de la maladie d'Alzheimer, en démontrant leur capacité à réguler la signalisation des protéines G et à améliorer les phénotypes moléculaires liés à la pathologie.
Cette étude démontre que la supplémentation à court terme avec du sirop de maïs à haute teneur en fructose ou avec Momordica charantia atténue l'hypertension artérielle pulmonaire chez les poulets de chair, la première étant plus efficace, tout en validant l'application d'un modèle de dynamique des systèmes pour évaluer ces stratégies nutritionnelles.
Cette étude démontre que la prédominance apparente des interactions additives et par paires dans les communautés microbiennes résulte de limites structurelles et statistiques inhérentes à la détection des interactions d'ordre supérieur, plutôt que d'une simplicité biologique intrinsèque.
Cet article présente l'Algorithme de Recherche Torique (TSA), une métaheuristique novatrice inspirée de la topologie torique qui élimine les limites artificielles pour optimiser efficacement des espaces de recherche complexes, démontrant ainsi une supériorité robuste par rapport aux méthodes existantes dans la résolution de problèmes d'identification de paramètres en oncologie mathématique.